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23 octobre 2020: 1 événement

  • Soutenances de Thèse/HDR

    Vendredi 23 octobre 14:00-18:00 -

    PhD - Joël Espel

    Résumé : Conception et implémentation in vivo chez la bactérie E. coli de commutateurs ARN synthétiques
    Concevoir des séquences d’ARN capables de se replier selon une structure désirée représente à la fois une puissante approche pour étudier la relation séquence-structure-fonction de l’ARN ainsi qu’un outil essentiel pour l’ingénierie de systèmes basés sur l’ARN.
    De façon cruciale, l’information contenue dans une séquence d’ARN ‘encode’ non seulement sa structure finale mais également le chemin de repliement co-transcriptionnel et la dynamique de repliement qui déterminent les repliements temporaires intermédiaires qui guident efficacement le repliement de l’ARN vers sa structure fonctionnelle finale. Cependant, les approches actuelles de design de séquences d’ARN ne prennent généralement pas en compte cette dimension fondamentale du repliement de l’ARN.
    L’objectif de la thèse sera d’avancer sur le développement d’approches numériques et expérimentales pour résoudre le problème de repliement dynamique inverse pour l’ARN, et de concevoir des commutateurs transcriptionnels (ou switches transcriptionnels) à façon. Les questions fondamentales posées seront : Comment le chemin de repliement co-transcriptionnel est encodé dans la séquence ? Quels sont les principes de conception pour programmer le repliement de l’ARN ? Et comment implémenter ces principes ? Ce travail sera abordé d’une part par l’utilisation d’outils de simulation numérique du repliement co-transcriptionnel de l’ARN et d’évolution dirigée in silico, ainsi que par la conception et la caractérisation expérimentale in vitro et in vivo chez la bactérie de commutateurs ARN.
    Jury :
    M. Marc BOUDVILLAIN (Directeur de Recherche, CNRS centre-Limousin Poitou Charentes), Rapporteur
    Mme Muriel COCAIGN-BOUSQUET (Directrice de recherche, INRAE Centre Occitanie Toulouse), Rapporteur
    M. Jérôme BONNET (Chargé de recherche, délégation Languedoc Roussillon), Examinateur
    M. Franz BRUCKERT (Professeur, Grenoble INP), Examinateur
    M. Hervé GUILLOU (Maître de conférence, Univ. Grenoble Alpes), Examinateur
    Mme Delphine ROPERS (Chargé de recherche, INRIA Grenoble), Invité
    M. Hans GEISELMANN (Professeur, Univ. Grenoble Alpes), Directeur de thèse
    M. Alexandre DAWID (Maître de conférence, Univ. Grenoble Alpes), co-encadrant

    En savoir plus : Soutenances de Thèse/HDR