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Soutenances de Thèse/HDR

publié le , mis à jour le

Ci-dessous, la liste des soutenances de thèse se déroulant au LIPhy.

Les soutenances se déroulent (sauf mention contraire) dans la salle de conférence au deuxième étage. Les félicitations au jeune docteur se font en général dans la salle de lecture mitoyenne.

Les manuscrits des thèses soutenues peuvent être consultés/téléchargés en ligne.


Agenda

  • Mercredi 19 février 2020 14:00-17:00 -

    PhD - Medhi Inglebert

    Résumé : Blood flow in biomimetics microchannels : a study of the endothelial function
    The endothelial function is responsible for maintaining vascular health and its dysregulation is at the origin of numerous vascular pathologies such as atherosclerosis or angioedemas. Indeed, endothelial cells are present on the internal surface of all blood vessels and are therefore in direct contact with blood flow. Blood flows generate frictional forces on the surface of endothelial cells which results in modification of their morphological characters but also their biochemical response. We have therefore developed a biomimetic system to reproduce the physiological mechanical environment of the endothelium. To do this we use a microfluidic system where the cells are cultivated in a confined way in micro-channels and in the presence of a continuous flow. This device allowed us to study the effect of mechanical and metabolic disturbances on the phenotype and the permeability of a model endothelium.
    La soutenance sera en anglais


  • Vendredi 9 octobre 2020 10:00-13:00 -

    PhD - Dwiria Wahyuni

    Résumé : Quantitative analysis in microscopy imaging has always been a challenge. One noticeable quantitative technique is Fluorescence Fluctuation Microscopy, a family of analytical tools generally developed for confocal microscopes that takes advantage of the temporal and/or spatial fluctuations of the fluorescence signal emitted by molecules, Firstly, we developed an approach that combines Image Correlation Spectroscopy with photobleaching to better estimate the surface density of immobilized molecules. The method is useful to overcome the limitation of the standard Image Correlation Spectroscopy when applied to systems of molecules with multi-labeling or aggregates. It has been successfully tested on fluorescence beads that exhibit a wide distribution of brightness, then applied to proteins of the extracellular matrix deposited on the substrate and oligomerization of protein in cell cytoplasm. Secondly, we performed Raster Image Correlation Spectroscopy on CRY2/CIBN optogenetics cells. Since the technique covers a wide range au diffusional time scales, it is useful to measure the diffusion constant of the cytoplasmic CRY2 proteins and membranous CIBN proteins. We also managed to characterize the dissociation process of CRY2/CIBN.


  • Vendredi 23 octobre 2020 14:00-18:00 -

    PhD - Joël Espel

    Résumé : Conception et implémentation in vivo chez la bactérie E. coli de commutateurs ARN synthétiques
    Concevoir des séquences d’ARN capables de se replier selon une structure désirée représente à la fois une puissante approche pour étudier la relation séquence-structure-fonction de l’ARN ainsi qu’un outil essentiel pour l’ingénierie de systèmes basés sur l’ARN.
    De façon cruciale, l’information contenue dans une séquence d’ARN ‘encode’ non seulement sa structure finale mais également le chemin de repliement co-transcriptionnel et la dynamique de repliement qui déterminent les repliements temporaires intermédiaires qui guident efficacement le repliement de l’ARN vers sa structure fonctionnelle finale. Cependant, les approches actuelles de design de séquences d’ARN ne prennent généralement pas en compte cette dimension fondamentale du repliement de l’ARN.
    L’objectif de la thèse sera d’avancer sur le développement d’approches numériques et expérimentales pour résoudre le problème de repliement dynamique inverse pour l’ARN, et de concevoir des commutateurs transcriptionnels (ou switches transcriptionnels) à façon. Les questions fondamentales posées seront : Comment le chemin de repliement co-transcriptionnel est encodé dans la séquence ? Quels sont les principes de conception pour programmer le repliement de l’ARN ? Et comment implémenter ces principes ? Ce travail sera abordé d’une part par l’utilisation d’outils de simulation numérique du repliement co-transcriptionnel de l’ARN et d’évolution dirigée in silico, ainsi que par la conception et la caractérisation expérimentale in vitro et in vivo chez la bactérie de commutateurs ARN.
    Jury :
    M. Marc BOUDVILLAIN (Directeur de Recherche, CNRS centre-Limousin Poitou Charentes), Rapporteur
    Mme Muriel COCAIGN-BOUSQUET (Directrice de recherche, INRAE Centre Occitanie Toulouse), Rapporteur
    M. Jérôme BONNET (Chargé de recherche, délégation Languedoc Roussillon), Examinateur
    M. Franz BRUCKERT (Professeur, Grenoble INP), Examinateur
    M. Hervé GUILLOU (Maître de conférence, Univ. Grenoble Alpes), Examinateur
    Mme Delphine ROPERS (Chargé de recherche, INRIA Grenoble), Invité
    M. Hans GEISELMANN (Professeur, Univ. Grenoble Alpes), Directeur de thèse
    M. Alexandre DAWID (Maître de conférence, Univ. Grenoble Alpes), co-encadrant


  • Vendredi 6 novembre 2020 13:00-17:30 -

    PhD. Erik Abegg

    Résumé : Vers une détermination sans contact des propriétés mécaniques de matière condensée molle avec AFM.
    Les propriétés mécaniques des matériaux biologiques et de la matière molle condensée (SCM) sont d’une grande importance pour décrire les interactions au sein de ces matériaux. Le but de cette thèse est d’utiliser l’instrumentation AFM et les méthodes originales sans contact développées chez LIPHY, Neel Institute et ESRF. En particulier, pour contourner les complications habituelles des effets d’adhérence, un liquide confiné entre la surface et la sonde est utilisé pour intervenir dans l’indentation du matériau étudié. Cela permet de mesurer sans contact, une technique dérivée de l’appareil de force de surface (SFA) et développée à l’origine par le groupe LIPHY.
    Notre objectif principal est d’étudier les propriétés mécaniques associées à la poro-élasticité dans différents régimes séparés par des temps caractéristiques. Les parties dissipative et élastique de la réponse linéaire seront déterminées de 100 Hz à 100 kHz. Premier cas : couches minces de brosses polymères poreuses dans des liquides. Deuxième cas : les films minces de polyélectrolytes seront étudiés en étroite collaboration avec le groupe de Catherine Picart au LMGP. L’objectif est de comprendre comment les polyélectrolytes s’auto-assemblent, comment les interactions entre les polyélectrolytes à charge opposée sont jumelées et comment les films s’organisent en interne.
    L’utilisation d’un AFM maison très sensible permet de déterminer la réponse linéaire sur une large gamme de fréquences, dans une seule expérience avec une seule sonde. Cela est impossible avec l’AFM régulière. Grâce à l’utilisation de sondes colloïdales et de pointes AFM régulières de différentes tailles, différents volumes peuvent être sondés. Cela ouvre la voie à l’imagerie des propriétés sondées à toutes les échelles de longueur pertinentes.
    Jury de thèse


  • Mardi 17 novembre 2020 14:00-18:00 -

    PhD - Valentin Gérard

    Résumé : Technique d’intrusiométrie rapide pour l’étude expérimentale du mouillage dynamique et du transport de soluté dans des pores hydrophobes nanométriques
    L’imbibition forcée d’eau et de solutions salines au sein de pores hydrophobes nanométriques et sub-nanométriques est étudiée par intrusiométrie dynamique, technique spécifiquement développée au LIPhy.
    En utilisant deux modes de mesure distincts, entre autres résultats, ce travail a permis d’une part de caractériser la dynamique de mouillage au sein de pores nanométriques et d’autre part le transport diffusif d’ions au sein de pores sub-nanométriques.
    Composition du Jury :
    Madame Isabelle BEURROIES Professeur, rapporteur
    Monsieur François LEQUEUX directeur de recherche, rapporteur
    Monsieur Andrey RYZHIKOV chargé de recherche, examinateur
    Monsieur François-Xavier COUDERT directeur de recherche, examinateur
    Monsieur Laurent DAVOUST professeur, examinateur
    Monsieur Olivier VINCENT chargé de recherche, examinateur


  • Lundi 14 décembre 2020 14:00-18:00 -

    PhD. Alain Lombard

    Résumé : QuanTI-FRET, un outil d’imagerie pour l’analyse de la mécanotransduction dans les cellules vivantes uniques
    De nombreux processus cellulaires élémentaires (migration, différentiation, mort) sont contrôlés par des ensembles d’acteurs reliés entre eux par des réactions en cascade. Certains de ces réseaux de signalisation convertissent des signaux mécaniques extérieurs à la cellule en signaux biochimiques internes, processus appelé mécanotransduction. Nous cherchons à étudier ces réseaux dans une approche de traitement du signal, pour déterminer expérimentalement un analogue de la fonction de transfert en espace et temps pour la mécanotransduction.
    Plus précisément, nous nous concentrons sur les réseaux de signalisation impliquant les Rho GTPases, acteurs majeurs dans la mécanotransduction.
    Dans le but de mesurer l’activité de certaines Rho GTPases en cellules vivantes, nous utilisons des biosenseurs FRET. Le FRET est un transfert d’énergie entre deux fluorophores, possible uniquement lorsqu’ils sont très proches l’un de l’autre (quelques nanomètres). Pour mesurer le FRET, nous imageons des cellules vivantes exprimant le biosenseur grâce à un microscope de fluorescence en champ large. Dans cette thèse, nous avons développé une méthode de mesure et d’analyse quantitative du FRET, dans la continuité d’un travail précédent. Ici, la calibration est faite directement sur les échantillons d’intérêt et non plus à l’aide d’étalons de FRET. Cette méthode d’autocalibration fait l’hypothèse que la stoechiométrie de la paire de fluorophores FRET est connue, et rend l’accès à cette méthode de FRET quantitatif plus aisé. Des facteurs quantitatifs et qualitatifs de contrôles de la qualité de la calibration permettent d’évaluer sa justesse. L’efficacité de FRET donne accès à l’activité en espace et en temps de certaines molécules des réseaux de signalisation.
    Enfin, des observations préliminaires sont réalisées, mettant en lumière certains comportements reliés entre morphologie des cellules et activité des Rho GTPases, ainsi que des limitations expérimentales dues au photoblanchiment des fluorophores. Pour finir, une méthode d’analyse très prometteuse est présentée, la décomposition en valeurs singulières, qui permet d’envisager des analyses poussées décorrélant espace et temps dans les films de biosenseurs, et permettant de supprimer les biais liés au photoblanchiment. Cette méthode ouvre la voie à une analyse quantitative non biaisée du fonctionnement spatio-temporel des réseaux de signalisation des Rho GTPases.


  • Lundi 15 mars 2021 13:00-18:00 -

    PhD. Magali Le Goff

  • Lundi 14 juin 2021 14:00-18:00 - Jocelyn Etienne

    HDR J. ETIENNE

    Résumé : Titre : Mécanique de l’actomyosine dans la morphogénèse des cellules et tissus

    Lieu : Conference room - 140 Avenue de la Physique 38402 Saint Martin d’Hères


  • Mardi 12 octobre 2021 13:00-17:00 -

    PhD. Guillaume Godefroy

    Résumé : titre : Nouvelles approches pour l’imagerie photoacoustique des vaisseaux sanguins : imagerie quantitative 3D de fluctuations et reconstruction assistée par apprentissage profond.
    Résumé :
    L’imagerie de la vascularisation présente un intérêt considérable pour de multiples applications de santé, incluant le diagnostic de pathologies, le guidage d’intervention chirurgicale, le suivi de traitement ou encore la recherche biomédicale. Si plusieurs modalités permettent aujourd’hui d’imager la vascularisation, l’utilisation de dispositifs bimodaux combinant l’imagerie photoacoustique (PA) et l’imagerie ultrasonore (US) constitue une approche prometteuse. La sensibilité de l’imagerie PA à l’hémoglobine et l’apparition de méthodes sensibles au flux en imagerie US permettent de cartographier avec précision le réseau vasculaire au sein des tissus biologiques à des profondeurs de l’ordre de plusieurs cm et des résolutions allant jusqu’à la dizaine de µm. L’excellente résolution temporelle de l’imagerie US permet d’obtenir une multitude d’informations quantitatives sur la dynamique du flux sanguin. Au travers d’approches spectroscopiques, l’imagerie PA fournit quant à elle de précieuses données sur les molécules imagées telles que leurs concentrations, et des indicateurs biologiques d’intérêt tels que la saturation en oxygène peuvent être cartographiés. Les travaux menés au cours de cette thèse consistent en la mise en place d’un dispositif permettant de réaliser simultanément des images 3D avec ces deux modalités, et le développement de nouvelles méthodes de reconstruction et de traitement en imagerie PA. Ces méthodes ont pour but de corriger sur les images PA les artefacts dits de visibilité et ceux liés à l’utilisation de réseaux de capteurs parcimonieux. Dans une première approche, l’analyse statistique de la fluctuation du signal PA liée au flux sanguin permet de corriger ces artefacts et d’obtenir une image proportionnelle à l’énergie absorbée. L’approche est appliquée in vivo sur des embryons de poulet et une mesure quantitative de la saturation en oxygène est obtenue. Dans une seconde approche s’appuyant sur l’apprentissage profond (deep learning), un réseau de neurone a été implémenté, permettant de résoudre ces artefacts à partir d’une unique acquisition une fois le réseau entrainé. L’architecture utilisée permet d’inclure une estimation de l’incertitude de la prédiction, fournissant la localisation des erreurs dites d’hallucination. D’abord démontrée en 2D sur des échantillons tests, l’approche est ensuite appliquée en 3D et de premiers résultats expérimentaux sur l’embryon de poulet sont présentés.
    Jury :
    Rapporteur : Monsieur Damien GARCIA, Chargé de recherche, INSERM
    Rapporteur : Monsieur Mickael TANTER, Directeur de recherche, INSERM
    Examinatrice : Madame Lori BRIDAL, Directrice de recherche, CNRS
    Examinateur : Monsieur Antoine DELON, Professeur des universités, Université Grenoble Alpes
    Examinateur : Monsieur Christophe MOSER, Professeur associé, EPFL


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