Laboratoire Interdisciplinaire de Physique

Agenda

• Thursday 9 December 13:00-18:30 -

  PhD. Aline Cisse

  Résumé : Titre : L’étude de la lipoprotéine à basse-densité par microscopie électronique et diffusion neutronique.
  Studies of low-density lipoproteins by cryo-electron microscopy and neutron scattering
  Résumé :
  Les lipoprotéines à basse densité (LDL) jouent un rôle crucial dans le métabolisme du cholestérol. Responsables de son transport du foie vers les organes, leur accumulation dans les artères est à l’origine de maladies cardiovasculaires, telles que l’athérosclérose. Constituées d’un cœur composé de cholestérol, dans sa forme libre ou estérifié, ainsi que de triglycérides, les LDL sont entourées d’une membrane de phospholipides, ainsi que d’une protéine immense : l’apolipoprotéine B-100 (apo B-100). Sur la LDL, la protéine contient des parties exposées en surface, et d’autres partiellement incorporées dans la membrane. Apo B-100 est impliquée dans de nombreuses fonctionnalités de la LDL, comme la réception des LDL par les organes, ou la conversion des VLDL (lipoprotéines à très basse densité) en LDL.
  Dans ce contexte, ce travail de thèse s’est concentré sur plusieurs questions fondamentales, qui sont encore peu étudiées : Quelle est la structure d’une LDL et où se trouve la protéine apo B-100 ? Quelle est la dynamique moléculaire d’apo B-100 ? Pour répondre à ces questions, nous avons utilisé deux techniques ; la cryo-microscopie électronique (cryo-EM) pour explorer des échelles de l’Angstrom au nanomètre, la diffusion incohérente élastique et quasi-élastique de neutrons (EINS, QENS) qui permet d’accéder à des échelles de temps de la picoseconde à la nanoseconde.
  À partir de la reconstruction 3D de cryo-EM, nous proposons une vision révisée des LDL, dans laquelle apo B-100 s’avère particulièrement flexible à la surface de la LDL, une propriété qui ne faisait pas consensus dans la communauté jusqu’à présent. En parallèle, l’application des techniques EINS et QENS à un échantillon d’apo B-100 solubilisé par détergent, dans lequel le détergent est toujours présent, rendait nécessaire l’introduction d’une méthodologie pour traiter de tels échantillons. Pour séparer analytiquement les contributions, et ainsi résoudre un problème qui ne se trouve pas seulement dans le cas d’apo B-100, mais plus généralement pour les protéines membranaires, nous présentons une nouvelle approche pour analyser les données QENS.
  Low-density lipoproteins (LDL) play a crucial role in the metabolism of cholesterol in the blood. Responsible for its transport from the liver to the organs, their accumulation in the arteries is the cause of cardiovascular diseases, such as atherosclerosis. Consisting of a core composed of cholesterol, in its free or esterified form, as well as triglycerides, LDL is surrounded by a membrane of phospholipids, as well as a huge protein: apolipoprotein B-100 (apo B-100). On LDL, the protein contains surface-exposed parts, and others partially incorporated into the membrane. Apo B-100 is involved in many functionalities of LDL, such as the reception of LDL by organs, or the conversion of VLDL (very low density lipoproteins) into LDL.
  In this context, this thesis work focused on several fundamental questions, which are still scarcely studied: What is the structure of LDL and where is the apo B-100 protein located? What are the molecular dynamics of apo B-100? To answer these questions, two techniques were applied; cryo-electron microscopy (cryo-EM) to explore the Angstrom to nanometer scale, elastic and quasi-elastic incoherent neutron scattering (EINS, QENS) which can probe time scales from picosecond to nanosecond.
  From the cryo-EM 3D reconstruction, we propose a revised view of LDL, with a huge flexibility of apo B-100 on LDL, a property that was not a consensus in the LDL community until now. In parallel, application of EINS and QENS to the detergent-solubilized apo B-100, in which detergent is still present, called for a new methodology to tackle such samples. To analytically separate the contributions, and to solve a problem that is not only found in the case of apo B-100, but more generally for membrane proteins, we present a novel approach to analyze the QENS data.
  Jury :

  • Judth Peters, Université Grenoble Alpes, Directrice de thèse
  • Pr. Elisabeth CHARLAIX, Université Grenoble Alpes, Examinatrice
  • Assoc. Pr. Ruth PRASSL, Medical University of Graz, Examinatrice
  • Pr. Giovanna FRAGNETO, ILL, Examinatrice
  • Pr. Marc JAMIN, Université Grenoble-Alpes, Examinateur
  • Dr. Aurélie BERTIN, CNRS, Rapporteure
  • Pr. Jörg PIEPER, University of Tartu, Rapporteur
  • Dr. Ambroise DESFOSSES, CNRS, Invité

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• Tuesday 14 December 14:00-17:30 -

  HDR. Karin John

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• Monday 31 January 2022 08:00-14:00 -

  Phd. Maxime Bonnefoy

  Résumé : Titre : Étude exploratoire et transdisciplinaire par analogie des mouvements de cellules et d’humains au sein d’architectures équivalentes

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