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Analyse connectomique de réseaux cellulaires multiéchelles

publié le , mis à jour le

L’analyse des réseaux complexes est un thème de recherche fascinant aux applications incroyablement variées : réseaux sociaux, transports, logistique, infrastructures de télécommunication et de calcul, etc. Elle est également une pierre angulaire des neurosciences, où les biologistes cherchent à comprendre les relations entre les fonctions mesurées et l’organisation du cerveau. Au niveau le plus fondamental, cela implique de comprendre comment la topologie/connectivité du réseau de neurones détermine les fonctions à plus grandes échelles et vice versa. Or, peu de gens savent qu’il y a autant de cellules dans le squelette humain que dans le cerveau et que dans les deux cas, les cellules sont fortement interconnectées. Le rôle biologique de ce réseau et l’impact de la topologie sont encore très mal connus et il est donc tentant d’appliquer aux os des idées similaires développées dans le cadre général de l’analyse des réseaux complexes. De telles approches pourraient avoir un fort impact sur la communauté biomédicale.

Nous recherchons actuellement un/e étudiant/e en Master 2 ou en dernière année d’École d’Ingénieur dans l’un des domaines suivants : physique des systèmes complexes, imagerie et signalisation bio/médicales ou mathématiques appliquées avec une solide formation en programmation Python et en traitement d’images. Vos principales tâches consisteront à optimiser les pipelines de traitement d’images actuels à l’aide de modèles morphologiques et d’outils de machine learning, ainsi qu’à développer les outils d’analyse de graphes incluant la géométrie et les caractéristiques de symétrie du réseau cellulaire.

Ce stage de master permettra de jeter les bases pour effectuer une thèse financée par une subvention HFSP récemment obtenue avec des collègues de l’Université McMaster (Canada) et du City College of New-York (États-Unis). Dans le cadre de cette collaboration internationale, vous serez fortement encouragé/e à passer du temps dans les laboratoires des différents partenaires au Canada et aux États-Unis afin de bénéficier des différentes expertises et d’élargir le champ de vos recherches. L’application biomédicale majeure de ce projet est l’analyse de l’évolution du réseau de porosité cellulaire en fonction de la déplétion minérale de l’os dans un modèle de souris allaitante.

Plus info
Contact : aurelien.gourrier@univ-grenoble-alpes.fr